Meyers ble avsatt torsdag, opplyser Space Operations Command i en pressemelding.
Begrunnelsen er manglende tillit til hennes evne til å lede.
Ledere ventes å følge de høyeste standarder spesielt når det gjelder upartiskhet i tjenesten, heter det i uttalelsen.
Handlinger som undergraver kommandolinjer eller president Trumps agenda vil ikke bli tolerert, sier talsperson Sean Parnell i det amerikanske forsvarsdepartementet ifølge New York Times.
Tok avstand fra Vance
Få dager etter visepresident J.D. Vance' besøk på Grønland i slutten av mars sendte Meyers en intern epost til alle medarbeidere på basen der hun tok avstand fra visepresidenten.
– Jeg forstår meg ikke på den nåværende politikken, men det jeg vet, er at de amerikanske bekymringene som J.D. Vance diskuterte fredag, ikke gjenspeiler Pituffik Space Base, skrev hun blant annet ifølge dansk TV 2.
Blant de ansatte på basen er det både canadiere, grønlendere og dansker i tillegg til amerikanere.
– Jeg lover at så lenge jeg er heldig nok til å lede denne basen, vil alle våre flagg stolt være heist – sammen, skrev hun.
Erstattet
Pituffik Space Base ligger nordvest på Grønland og het tidligere Thule Air Base.
USAs president Donald Trump har gjentatte ganger sagt at USA trenger Grønland av sikkerhetsårsaker. Trump har ikke villet utelukke at han kan bruke militær makt for å få viljen sin.
Danmarks statsminister Mette Frederiksen har sagt at Grønland ikke er til salgs og at det ikke er aktuelt å la USA overta verdens største øy.
Meyer er blitt erstattet av oberst Shawn Lee.